[imText1]专家们评价南北合作基金存在透明性、经济性、小履行、计划性以及基金筹措及执行、资金运用等诸多问题，针对这些问题亟需采取相应的措施。
有观点认为从1991年到2006年15年间使用的南北合作基金4兆1253亿元中的94.2%，即3兆8845亿元事实上是根据统一部单方面的判断执行的。
据分析，是根据南北合作基金法中规定的仅仅用途条款中单方面执行可能性较高的“其他条款”（第八条第五项）执行的款项有人道主义援助（1兆602亿元）、民族共同体恢复贷款（7933亿元）、交流合作基础的建设（5656亿元）、离散家属交流职员（324亿元）等。其中，无偿援助有1兆6528亿元，有偿援助为2兆2264亿元。
今年合作基金增加了1兆元以上，使用在对朝粮食援助、开城工业园区基础设施建设等30余个项目上。
一直以来，南北合作基金的使用因“即兴援助”引发白头山旅游项目的推进过程浪费98亿元基金、对特定企业和团体的特惠性基金援助及挪用嫌疑、形象工程院诸多与贸易经济合作援助等问题，不断地有人对依靠国民的纳税筹措的基金提出透明性、效率性及经济性等方面的质疑。
还有因没等观察朝鲜方面的态度就急于签约重油援助用的船只而浪费的36亿元及基金等，必须彻底查清基金使用上的错误。
在过去的12年里，政府和民间团体向朝鲜提供的援助达到6兆5899亿元，卢武铉政府4年来向朝鲜提供的金额达到3兆970亿元，占整个对朝援助的46%。现在必须对出自国民“血汗税”的南北合作基金是否用在了实处，对朝鲜半岛的和平以及引发朝鲜改革开放等方面做出了多少贡献等问题做出冷静的评价。
统一部长官的政治逻辑就可以执行基金
南北合作基金的执行流程是统一部做出援助的政策性决策后南北交流合作推进委员会予以形式上的承认后得到基金使用上的委任，韩国进出口银行就予以支付。根据南北合作基本法规定统一部长官可以向基金使用者报告使用计划及结果。并规定基金支出如果使用在目的以外的领域就可以根据欠缴过税处理方式予以回收。
但是是否真的严格地得到管理和监督就无法知晓。尤其是南北合作基金援助的大都是在朝鲜地区进行的事业，无法对执行细节进行追踪或审查，所以必然会引发挪用等争议。应该以白头山旅游项目的推进过程中因原材料的“即兴”供应而导致仅仅流失等前车之鉴，保证合作仅仅用途的透明性及效率性。
去年位置清一色由政府官员组成的南北交流合作推进委员会出于政治逻辑，大多数情况下只通过书面审查予以仓促的承认，从而导致部分基金的浪费或低效率。但是国民因为信息的缺乏以及对南北关系特殊性的考虑并没有进行过多的批判。在白头山旅游推进过程中“即兴”的原材料供应使得几十亿元基金打了水漂，但是没等向国民道歉就做出追加援助，继续重复着此类“亡羊也没能补牢”的失误。
尤其是从金大中政府开始就开始出现以下问题。
统一部长官担任南北交流协会委员长职务，所以即使基金的使用不当也没有什么加以控制的体系。第二、南北合作基金过多地耗费在一次性、消耗性、“形象工程”性的项目上。例如向居民来往、社会文化合作、离散家属、人道主义等项目资助的经费。
第三、重建民族共同体方面资助的随意性。在构建南北经济共同体的基本计划全无的情况下为南北交流合作基础的构建事业资助了7933亿元基金。第四、有偿援助（2兆2264亿元）和贷款存在发生信誉风险（moral hazard）的可能性。第五、运用南北合作基金的根本目的应该是改善南北关系。但现状却是被动地应对朝鲜的单方面要求，反而被朝鲜的战略战术玩弄于股掌之中。
因此基金运用的可信性只有在合理性、透明性、一贯性以及可审查行时才有可能确立，必须根据这些原则加以灵活的对应。
南北合作基金对于南北关系的改善和民族共同体的重建来讲无疑是必要的。但是即使存在必要性，基金运用一旦失去可信性反倒会成为恶化南南矛盾和南北关系的因素，因此必须保障基金运用的透明性、经济性、效率性。
现在国民想要知道的是通过南北合作基金实施的人道主义援助、民族共同体的重建事业以及交易经济合作事业等在降低朝鲜半岛紧张程度方面到底做出了多少贡献，还有给那些正在渡过凄惨生活的朝鲜居民带来了多少帮助。
